接第一季，箱庭学园学生会会长黑神目泷依然全能到变态。第二季核心剧情“异常者篇”与“过负荷篇”。学校出现“负十三班”——一个不存在于任何档案的班级，里面全是“异常者”，他们的能力会伤害普通人。黑神的解决问题方式是把他们全部纳入学生会，但这引发更深的危机：“过负荷”——能力的失控状态，会反噬宿主并波及无辜。为了对抗真正的敌人“安心院薰染”（前代会长，活了数百年的“伪恶”），黑神决定背叛自己的“伪善”本性，让自己黑化，成为“真伪恶”。她强行夺走了学生会成员的招牌技能，独自对抗整个学园的黑暗面。人吉善吉无法接受黑神的改变，两人决裂。最后一集，黑神打败安心院，但自己也力竭昏迷。人吉唤醒了她，黑神醒来第一句话是：“善吉，我的胃好饿，想吃你的便当。”两人和好，而真正的敌人“最强的异常”才刚刚苏醒。
西尾维新话痨风格的极致体现，超能力战斗脑洞大开。第二季玩得更疯，黑神从“伪善”到“伪恶”的人设翻转非常大胆。热血与吐槽并重，喜欢另类校园番必看。
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